ワンストップ特例と確定申告のどちらで手続きしても、トータルの節税効果は同じです。
しかし、確定申告を行った場合は控除の反映時期が異なるため、手続き方法を変えた年は注意してください。

寄附先の自治体数がワンストップ特例の上限を超えていた

ワンストップ特例を適用できるのは、寄附先が5自治体以内の場合に限られます。
6か所以上の自治体に寄附すると、ワンストップ特例が適用されず、確定申告が必要になります。
上限を把握せずに複数の自治体へ寄附し、確定申告を行わなかった場合、控除が正しく適用されていない可能性もあるので気を付けてください。